Do tej pory, położenie pojedyńczego fluoroforu ustalano przez znalezienie maksimum intensywności fluorescencji (ograniczonego przez limit dyfrakcyjny) przy pomocy kamery. Pozwalało to w praktyce otrzymać rozdzielczość rzędu 10-30 nm. MINFLUX lokalizuje fluorofor poprzez znalezienie minimum intensywności wzbudzenia i tym samym redukuje liczbę fotonów wymaganą do precyzyjnej lokalizacji 20-krotnie. Z tego samego powodu dla danej liczby fotonów precyzja lokalizacji ulega znacznej poprawie, dlatego po raz pierwszy w mikroskopie świetlnym uzyskuje się lokalizacje poniżej 2 nm! Kolejną zaletą technologii MINFLUX jest możliwość śledzenia ruchów pojedyńczych molekuł (single-molecule tracking) z częstotliwością do 10 kHz czyli jednego położenia na 100µs (100x szybciej niż tracking oparty na wykorzystaniu kamery). Dzięki małej liczbie fotonów potrzebnych do określenia pojedynczej lokalizacji, ruchy cząsteczek mogą być mierzone nawet przez sekundy (np. 28000 lokalizacji z 20 nm precyzją). System MINFLUX oparty jest na standardowym mikroskopie optycznym z sub-nanometrowym systemem stabilizacji. Pozwala to na dodanie modułów wszystkich tradycyjnych technik obrazowania, mikroskopii fluorescencyjnej, konfokalnej a nawet STED. Tak szeroki wachlarz możliwości umożliwia rejestrowanie obrazów od skali mikro do nano.